Уральский филиал ГЦСИ появился в Екатеринбурге в 1999 году и стал первой институцией в городе, работающей с современным искусством. В 2005-2011 годах филиал издавал журнал ZAART, ставший архивом уральского искусства 2000-х годов. В это же время сотрудниками Уральского ГЦСИ была сформирована обширная коллекция видеоарта Урало-Сибирского региона.
С 2008 года филиал запустил программу «Уральские заводы: индустрия смыслов», основной идей которой стало художественное переосмысление заводов и промышленной реальности в городской среде. Из этого исследования вырос один и самых масштабных проектов российской арт-системы – Уральская индустриальная биеннале современного искусства.
С 2011 года филиал на собственной площадке проводит выставки, реализует образовательные программы, а также работает с локальным художественным сообществом через выставки, портфолио-ревю, воркшопы и резиденции, организованные филиалом. В 2018 году на базе ГЦСИ появился новый проект – «Лаборатория молодого художника».
Сегодня более десяти проектов Уральского филиала стали номинантами всероссийской премии «Инновация».