Четыре отдела, подчиненные зам. директора Музея по цифровому развитию, осуществляют поддержку и развитие информационных систем и сетей Музея, внедрение и использование мультимедийных технологий, управление цифровыми ресурсами и архивами. С 1 ноября 2018 года под кураторство зам. директора Музея по цифровому развитию перешла Научная библиотека в рамках процесса модернизации ее деятельности.
Научная библиотека Отдел информационных систем Отдел мультимедийных технологий Отдел эксплуатации вычислительных систем и сетей Отдел электронных ресурсов
Отдел оборудования и транспорта Отдел отопления, вентиляции и кондиционирования Производственно-технический отдел Электротехнический отдел
Инженерный отдел Отдел имущественных отношений Отдел проектной документации Сметно-договорной отдел Управление капитального строительства, реконструкции и реставрации объектов имущественного комплекса Музея